Por otro lado, la conducción ejecutiva del gremio es función de la Junta Ejecutiva Central, la que dirige, administra y representa a la UEPC. Es el órgano que ejecuta las decisiones que se adopten a través de la Asamblea, (autoridades y otras cuestiones).
Asimismo, el gremio está estructurado en Delegaciones Departamentales (veintiséis) que actúan por delegación expresa de poderes de la Junta Ejecutiva Central de UEPC. Los Consejos Delegados Departamentales están integrados proporcionalmente por el número de afiliados que registra el Departamento.
Finalmente, los delegados escolares participan en las Asambleas de Delegados Escolares de su Delegación, en las que se resuelven los temas por los cuales han sido convocadas. Sus resoluciones son mandatos a la Asamblea provincial y para el Consejo Delegado Departamental.
El Órgano de Fiscalización -que está integrado por un miembro de la primera minoría siempre que haya obtenido el 20% de los votos- tiene a su cargo fiscalizar el cumplimiento de los estatutos del gremio y de las resoluciones de los cuerpos orgánicos, examinar y vigilar la contabilidad, administración e inversión de fondos, tanto de la Junta Ejecutiva Central como de las Delegaciones.
